O Sistema de Arquivo da UBI pode caracterizar-se como sendo misto: centralizado no expediente e na consulta e recuperação de parte da informação digital, mas descentralizado na localização, consulta e recuperação da informação analógica.
O Setor de Expediente, integrado na Divisão de Recursos Humanos (Serviços Administrativos) integra, desde 2010, um Sistema de Gestão Documental Eletrónico centralizado, designado por GDUBI, concebido e implementado pelos Serviços de Informática com a promoção da Reitoria e dos Serviços Administrativos. O Setor de Expediente é responsável pela administração do GDUBI, que permite criar – entradas e saídas de parte dos documentos digitais externos e internos gerados por toda a estrutura orgânica da UBI -, gerir, em parte, a informação arquivística e permitir diferentes acessos à informação.
Este sistema de entradas e saídas de documentos digitais implicou uma melhoria substancial na produtividade, eficiência e eficácia no serviço de expediente e nos procedimentos harmonizados de toda a Universidade no que diz respeito à tramitação ou workflow dos documentos.